Science Reproductible

Au-delà du CTRL-C CTRL-V

https://marietienne.github.io/lebesgue_5mn

7 novembre 2023

Une crise documentée de la reproductibilité en science

(2013)

Quelle perception selon les différentes sciences ?

Baker (2016) (cité 3237 fois)

Statistique Intelligence Artificielle

Les ingrédients de la recherche en statistique IA

  • des données,
  • des algorithmes,
  • des logiciels.

La route de la reproductibilité

Alston et Rick (2021)

Etape 3 - All Inclusive

Un seul document pour

  • Texte de l’article,
  • code pour les analyses,
  • code pour les figures

Grâce à Quarto par exemple :

```

C’est différent en mathématique !

mais en fait non

C’est différent en mathématique !

on trouve des expériences numériques

C’est différent en mathématique !

Petit tips pour reproduire le résulat

Bien faire les choses

Les outils de dévelopement logiciel sont devenus beaucoup plus accessibles ces dernières années, toutefois produire une analyse reproductible reste

  • plus long,
  • plus pénible,
  • peu valorisé.

Une publication pour valoriser les comportements vertueux

En 2020, La Société Française de Stat. missionne une cellule “publication” (Julien Chiquet, Université Paris-Saclay puis Pierre Neuvial, Institut Mathématique de Toulouse) pour faire émerger une nouvelle revue

Constat

Multiplication des journaux “traditionnels”…

😔 dévalorisation des résultats négatifs

😥 peu/pas assez de valorisation du code et des études de cas

😱 ↓ de la qualité des publications et du temps consacré à un article

😱 ↓ de la reproductibilité scientifique (analyses, expériences)

Point de vue

  • besoin de renouvellement de la mise en œuvre de la recherche scientifique
  • besoin de normes plus élevées en matière de publication des résultats

\(\rightsquigarrow\) Émergence de l’idée de Computo

Fonctionnement

Système d’écriture

texte (markdown) + math (\(\LaTeX\)) + code (Python/R/Julia), biblio (bib\(\TeX\))

Système de publication

Gestion de l’environnement, Compilation, Publication multiformats

Système de relecture

  • Échanges anonymes publiés après acceptation
  • Bases de relecteurs/relectrices
  • [Passage de Scholastica à Open review en cours]

Solutions/Proto

Expérience renouvellée

Reproductibilité éditoriale

Validation scientifique

Éléments de discussion

Sur certains choix

  • quarto: dynamique, langage agnostique, issu de la communauté (pandoc)
  • Github: dynamique, lien avec quarto, pas institutionnel
  • Rapport des relecteurs publics : quid du droit à l’oubli ?

Soyez vertueux

Comment aider?

References

2013. The economist.
Alston, Jesse M, et Jessica A Rick. 2021. « A beginner’s guide to conducting reproducible research ». Bulletin of the Ecological Society of America 102 (2): 1‑14.
Baker, Monya. 2016. « 1,500 scientists lift the lid on reproducibility ». Nature 533 (7604).

https://computo.sfds.asso.fr